Mazowiecki Wojewódzki Inspektor Ochrony Środowiska wykonuje zadania przy pomocy Wojewódzkiego Inspektoratu Ochrony Środowiska w Warszawie. Strukturę organizacyjną i zadania określa regulamin organizacyjny zatwierdzony przez Wojewodę Mazowieckiego.

Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Warszawie działa na obszarze województwa mazowieckiego.
W jego skład wchodzą delegatury w Ciechanowie, Ostrołęce , Płocku, Radomiu i w Mińsku Mazowieckim.